​W ocenie Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej kontrola rzetelności deklarowanych podstaw podatkowych oraz prawidłowości wyliczania i wypłacania
 

podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego za 2002 rok wykazała, że zgromadzony materiał dowodowy w konfrontacji z obowiązującymi przepisami prawa dowodzi, że rozliczenie z tytułu podatku akcyzowego dokonane przez RT S.A. za 2002 rok jest prawidłowe. W odniesieniu do NKON, oleju FL i N-15 organ kontroli skarbowej uznał, że wyroby te nie podlegały opodatkowaniu podatkiem akcyzowym w 2002 roku.
 Trwająca prawie trzy lata (od stycznia 2005 roku do 5 grudnia 2007 roku) kontrola skarbowa prowadzona przez Urząd Kontroli Skarbowej w Krakowie w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku akcyzowego oraz podatku od towarów i usług dotyczyła lat 2002 – 2003 oraz okresu I – IV 2004 roku.
 Przez cały czas trwania kontroli Rafineria Trzebinia S.A. podtrzymywała swoje stanowisko w zakresie prawidłowości dokonanych przez Spółkę rozliczeń podatkowych w zakresie akcyzy, a rozliczenia podatkowe były zgodne z prawem oraz obowiązującymi klasyfikacjami statystycznymi. Również liczne wnioski dowodowe zgłaszane przez Zarząd potwierdzały stanowisko Rafinerii Trzebinia S.A. w prowadzonym postępowaniu kontrolnym.