​Prezes Urzędu Regulacji Energetyki pismem z dnia w dniu 24 marca 2006r. zawiadomił Rafinerię Trzebinia o wszczęciu z urzędu postępowania administracyjnego w sprawie wymierzenia kary pieniężnej

w związku z naruszeniem przez nią warunków koncesji na wytwarzanie paliw ciekłych, tj. wprowadzania do obrotu paliw zawierających powyżej 5% biokomponentów. Prezes URE uznał, że Rafineria Trzebinia wytwarzała i wprowadzała do obrotu paliwa ciekłe, których parametry jakościowe nie były zgodne z parametrami określonymi w obowiązujących przepisach tj. rozporządzeniu Ministra Gospodarki i Pracy z dnia 19 października 2005r. w sprawie wymagań jakościowych dla paliw ciekłych. Rafineria Trzebinia w toku prowadzonego postępowania złożyła szczegółowe wyjaśnienia.

Mimo to, dniu 8 września 2006 roku Prezes Urzędu Regulacji Energetyki wydał decyzję, w której stwierdził, że Rafineria wprowadzała do obrotu paliwo ciekłe niespełniające wymagań określonych w obowiązujących przepisach. Za działania te Prezes URE wymierzył Rafinerii Trzebinia karę pieniężną tj. w wysokości 1 miliona złotych. (tj. w wysokości 0,18% przychodów z działalności koncesjonowanej polegającej na wytwarzaniu paliw ciekłych uzyskanych w poprzednim roku podatkowym).

26 września 2006 roku Zarząd Rafinerii Trzebinia S.A. złożył do Sądu Okręgowego w Warszawie Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumentów odwołanie od decyzji Prezesa URE o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości, względnie o zmianę zaskarżonej decyzji i orzeczenie co do istoty sprawy przez umorzenie postępowania przed Prezesem URE jako bezprzedmiotowego, ponieważ Rafineria Trzebinia S.A. nie naruszyła przepisów prawa ani warunków posiadanej koncesji.

Z mocy prawa, z chwilą złożenia przez Rafinerię Trzebinia odwołania od decyzji Prezesa URE wymagalność kary pieniężnej została zawieszona.

W dniu 2 kwietnia 2007 roku Sąd Okręgowy W Warszawie – Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów wydał wyrok i postanowił zmienić Decyzję Prezesa URE w taki sposób, że postępowanie administracyjne wszczęte z urzędu w dniu 24 marca 2006 roku w sprawie wymierzenia kary pieniężnej w związku z naruszeniem warunków koncesji na wytwarzanie paliw ciekłych zostało umorzone. Ponadto, Sąd postanowił o zasądzeniu na rzecz Rafinerii Trzebinia S.A. zwrot kosztów postępowania.

Istotnym dla uczestników rynku biopaliw jest fakt, że Sąd wydał wyrok po rozpatrzeniu merytorycznym sprawy i po stwierdzeniu, iż zaniechanie prawidłowej (terminowej) implementacji dyrektyw europejskich przez właściwy organ władzy państwowej – Ministerstwo Gospodarki - nie może obciążać Rafinerii.

Zarząd i pracownicy Spółki przyjęli decyzję Sądu z satysfakcją jednakże wobec wprowadzenia z początkiem roku 2007r. niekorzystnej zmiany przepisów akcyzowych, skutkujących brakiem uzasadnienia ekonomicznego odnośnie produkcji i sprzedaży biopaliwa z 20% zawartością estrów - decyzja Sądu, choć oczekiwana, nie powoduje w obecnym stanie prawno – podatkowym wznowienia produkcji biopaliwa ON BIO.